Шел сентябрь 1918 г. По дороге на юг России Колчак прибыл в Омск, где к этому времени уже находились поезда с членами Директории и со штабом Верховного главнокомандующего генерала Болдырева. Здесь адмирал узнал о смерти Алексеева, гибели Корнилова и назначении Деникина новым главнокомандующим на юге страны. В Сибири же положение казалось к этому времени многообещающим и достаточно устойчивым. Марионеточная владивостокская администрация (“Временное правительство автономной Сибири” во главе с П. Я. Дербером, а затем И. А. Лавровым, сформированное после захвата Владивостока чехами в июне 1918 г. и самораспустившееся в октябре 1918 г.) признала юрисдикцию Директории, шансы на создание боеспособной армии были велики как никогда, и Колчак еще раз принес свои личные интересы в жертву долгу: он отказался от мысли свидеться в ближайшее время с родными и по предложению генерала Болдырева занял пост военного и морского министра в Сибирском правительстве.
Общая дестабилизация перешла после 1917 г. какую-то роковую черту, за которой восстановить жизнь обычными средствами, средствами, присущими старой России, было уже невозможно. Однако оставалась надежда на сохранение чувства ответственности у лучших представителей всех слоев общества и целительное действие самого ритма государственной жизни.. Именно это и придавало уверенности А. В, Колчаку, когда он принимал должность военного министра в Сибирском правительстве. Однако первые же дни показали, сколь много проблем остается еще у власти, пытающейся в условиях всеобщего разложения организовать фронт и тыл. Адмирал сразу же столкнулся с неясностью своего положения по отношению к действующим войскам, неопределенностью взаимоотношений с командующим, всеми недоразумениями корпусной территориальной системы, „на основе которой была организована Сибирская армия, и т. п. Существование двух вооруженных сил — Сибирской и Народной (созданной КОМУЧем) армий, отличавшихся даже формой одежды, постоянное вмешательство чехов во внутренние дела правительства, конфликты между Сибирским правительством и Директорией, члены которой, преимущественно эсеры по своим политическим, пристрастиям, не-лояльцо относились к профессиональным военным,— все это постоянно усложняло ситуацию. Вновь получался замкнутый . российский круг, из; которого не виделось выхода: еще один вариант двоевластия.
В этих условиях (которые не слишком изменились по сравнению с обстановкой лета 1917 г.) Колчак пытался добросовестно исполнять обязанности министра, выезжал на действующий фронт, занимался вопросами снабжения армии, при этом демонстративно не вмешиваясь в политические дела: он не только отверг предложение офицеров об усилении влияния военных на внутреннюю ситуацию, но и накануне событий 18 ноября 1918 г. подал прошение об отставке, мотивируя свое решение тем, что “вместо чисто деловой работы здесь идет политическая борьба, в которой я принимать участия не хочу, потому что я считаю ее вредной для ведения войны”. Однако судьбе угодно было распорядиться иначе.
В ночь на 18 ноября казачьими частями самовольно были арестованы четверо членов Директорий. Политический кризис закончился государственным переворотом, еще раз обнаружившим всю шаткость положения в тылу Белой армии и отсутствие единства в рядах сил, ведущих борьбу против большевизма. На состоявшемся вслед за этими событиями совместном заседании Директории и Совета министров было решено поставить во главе правительства лицо военное, т. е.- объединить военную и гражданскую власть. Колчак предложил на этот пост верховного главнокомандующего генерала Болдырева, однако члены правительства выразили сомнение в способности Болдырева нормализовать положение, так как он по политическим своим симпатиям явно тяготел к эсерам и соответственно был вовлечен в чисто политическую борьбу, в годы гражданской войны особенно губительную. После долгого обсуждения (на втором совещании, проходившем в тот день. Колчак отсутствовал) Совет министров признал Директорию несуществующей и постановил учредить пост Верховного Правителя с исключительными полномочиями. А. В. Колчак был в то время, пожалуй, единственным человеком, способности которого отвечали задачам насущного момента, и немудрено поэтому, что новая должность была предложена именно ему. Адмиралу никогда не свойственно было уходить от ответственности; он согласился.
18 ноября был издан программный документ нового правительства “Положение о временном устройстве государственной власти в России”, где намечались главные направления работы в тылу Белой армии; Колчак сформировал Совет Верховного Правителя из пяти членов для решения экстренных вопросов и определил формы его сотрудничества с Советом министров.
Военный переворот в Сибири не был противоправной акцией: специальный суд расследовал обстоятельства, предшествовавшие аресту членов Директории, выявил их неблаговидную роль в политическом кризисе и сделал достоянием гласности связи с руководством эсеровской партии (в частности с Черновым), крайне враждебно настроенным по отношению к правительству в Омске. Организаторы переворота были оправданы, а бывшим членам Директории предоставили возможность выехать за границу.
Белому движению была необходима координация действий различных сил, ведущих борьбу с большевизмом. Однако, хотя создание реальной единой администрации и реальной единой армии так и осталось невыполненной задачей, формальное объединение все же было завершено: 30 апреля 1919 г. власть Колчака была признана Временным правительством Северной области, 10 июня именно из Омска генерал Юденич был назначен главнокомандующим русской армией на северо-западе страны, а 12 июня в своем подчинении Сибирскому правительству заявил генерал Деникин.
Верховный Правитель России, определяя сущность своей власти, свидетельствовал: “Единоличное верховное командование может действовать с диктаторскими приемами и полномочиями только на театре военных действий и в течение определенного, очень короткого периода времени, когда можно действовать, основываясь на чисто военных законоположениях”. При этом “в вопросах финансового порядка, торгово-экономических отношений ... единоличная власть как военная должна непременно связываться еще с организованной властью гражданского типа, которая действует, подчиняясь военной власти, вне театра военных действий. Это делается для того, чтобы объединиться- в одной цели ведения войны”.
Подобная работа удалась на первых порах как нельзя лучше. Сама жизнь рассматривалась в контексте военных задач, и война гражданская воспринималась как продолжение мировой; борьба велась за суверенитет, государственную целостность и достоинство Отечества. Сам Колчак прекрасно понимал, что и после капитуляции Германии желанные цели отнюдь не были достигнуты, и страна была как никогда далека от умиротворения. “Я видел,— вспоминает он,— что мир нас не касается, и считал, что война с Германией продолжается. Я тогда в первое время надеялся, что в случае если нам удастся достигнуть известных успехов на фронте, то мы будем приглашены на мирную конференцию, где получим право голоса для обсуждения вопроса о мире”.
К весне 1919 г. была закончена реорганизация армии, существенно повысилась боеспособность и улучшилось материальное обеспечение войск; однако слабостью сибирских частей оставалось преобладание неустойчивой солдатской массы над офицерством (на 400 000 личного состава приходилось не больше 30000 офицеров), что в условиях гражданской войны было чревато тяжелыми последствиями.Политические преобразования в тылу поначалу благоприятно влияли на ход боевых действий. В начале марта 1919 г. войска Колчака сумели перейти в наступление на западном фронте. Основная задача — нанести удар в направлении Уфа — Самара и выйти к берегам Волги с тем, чтобы соединиться с деникинскими частями,— была возложена на Западную армию под командованием генерала М. В. Ханжина. Сибирская армия под командованием генерала Р. Гайды наступала на Казань — Ижевск.
Красные оставили Актюбинск и Орск, Сибирская армия вышла к реке Вятке. От Сергиевска до Чистополя во фронте противника образовался 150-километровый разрыв, свободная зона Для наступления белых частей. Однако генерал Гайда не сумел воспользоваться столь явным стратегическим преимуществрм. Сопротивление противника становилось все более ожесточённым, и к маю наступление белых захлебнулось. В середине месяца красным удалось перехватить инициативу, а осенью большевики были уже в предгорьях Урала.