Помимо SIT, для борьбы с переносчиками малярии, лихорадки денге и желтой лихорадки предложен метод замещения популяций. Идея состоит в том, чтобы создать ГМ-комаров, не способных переносить заболевание, и заместить природную популяцию переносчиков безвредными ГМ-насекомыми. Уже созданы генетически модифицированные малярийные комары, неспособные переносить малярию. У этих комаров клетки кишечника производят пептид SM1, который не позволяет малярийному плазмодию проникать из кишечника комара в слюнные железы. В отличие от большинства других изготовленных к настоящему времени ГМ-комаров, комары Anopheles stephensi, вырабатывающие пептид SM1, способны конкурировать с дикими комарами в природе. Существуют аналогичные разработки и по комарам – переносчикам лихорадки денге.
В целом очевидно, что дальнейшее развитие методов борьбы с насекомыми – вредителями и переносчиками опасных заболеваний, как и шансы человечества на победу в этой борьбе, неразрывно связаны с развитием биотехнологий, включая генную инженерию. По мнению авторов, «очевидно, что разумное применение генно-инженерных технологий для биологического контроля численности насекомых позволит эффективно бороться с ними, оказывая минимальное негативное воздействие на окружающую среду».