Подобно эмпирическим схемам классификации, эволюционная классификация основана на простом факте, что в природе встречаются ясно отличающиеся друг от друга группы, такие, как птицы, пингвины, летучие мыши, жуки и т. п. Эволюционная таксономия отличается от эмпирической тем, что требует объяснить причины существования таких группировок и использует полученное объяснение для усовершенствования классификации. Такое объяснение было дано Дарвином (1859): «Я полагаю, что [в нашей классификации] заключено нечто большее [чем простое сходство] и что близость происхождения — единственная известная причина сходства живых существ — представляет собой ту связь, хотя и скрытую в той или иной степени модификациями, которую позволяет частично выявить наша классификация». Обнаружив причину существования естественных групп, Дарвин изменил всю основу классификации. Таксономист уже не «создает» таксоны, а становится «открывателем» групп, созданных эволюцией. Теперь он классифицирует не признаки, а организмы, и роль признаков сведена к тому, чтобы служить лишь доказательствами того, что нечто, известное биологу, независимо существует в природе (Симпсон, 1961). Никак нельзя считать, что все систематики в полной мере представляют себе следствия этого различия в подходе. Между тем благодаря этому новому подходу мы можем определять таксоны политетически, не беспокоясь о том, что иногда какой-то вид не имеет некоторых из диагностических признаков того высшего таксона, к которому он принадлежит, или отдельная особь не имеет диагностических признаков своего вида. К случаям такого рода привлек внимание Стензел (1963).
Неспособность понять, что мы классифицируем таксоны, а не признаки, была причиной большей части излишних дроблений родов и высших таксонов. Тот факт, что какой-либо род пауков отличается по строению глаз от всех других родов своего семейства, не является достаточным основанием для создания нового подсемейства или семейства, если род, о котором идет речь, по всем прочим признакам соответствует остальным родам. Mutatis mutandis этот принцип верен для всех сортов организмов и на всех таксономических уровнях. Классификация таксонов означает, что мы рассматриваем всю совокупность признаков в качестве единого интегрированного ансамбля, а не рассматриваем отдельные признаки как обособленные, ни с чем не связанные единицы на атомистический манер.
Теперь различие между логиком, который применяет одни и те же правила при классификации организмов и искусственных объектов, и систематиком-эволюционистом очевидно. Оно прежде всего состоит в том, что биолог классифицирует популяции, а не индивидуумы или феноны. Низшие таксоны — это не произвольные совокупности, а воспроизводящиеся сообщества, объединенные брачным поведением и отделенные от других подобных группировок не произвольными решениями классификатора, а изолирующими механизмами, закодированными в генетической программе организма. Подобным же образом и высшие таксоны характеризуются тем, что обладают общими компонентами некой предковой генетической программы.
Организмы обладают еще одним уникальным свойством, которое отличает их от неживых объектов: у них есть фенотип и генотип. Классификация неживого объекта завершена, как только классифицирован его «фенотип». Когда же мы классифицируем организмы, классификация по фенотипу — это только первый шаг. В качестве второго шага мы пытаемся сделать заключение о генотипе — созданной в процессе эволюции генетической программе, которая имеет гораздо большую познавательную и прогностическую ценность, чем фенотип. Фенотипы могут обладать разного рода сходством, не относящимся к делу, и только анализ логически оцененного генотипа позволяет нам установить, какие сходные черты фенотипа обусловлены конвергенцией, а какие являются выражением генотипа предков. Биологическое значение разрывов между таксонами вскрывает еще одно различие между организмами и неживыми объектами (Инджер, 1958). Адаптивная радиация, вымирание, неравные темпы эволюции и многие другие чисто биологические явления, обсуждающиеся в эволюционной литературе (Симпсон, 1953; Ренш, 1960; Майр, 1963), обусловливают наблюдаемое неравенство разрывов между видами и группами видов. То обстоятельство, что наблюдаемая сгруппированность видов может служить основой для многих взаимоисключающих классификаций, не противоречит тому, что виды в природе сгруппированы и что между таксонами имеются разрывы на любом данном временном уровне. Правильность этого заключения не умаляется также тем, что когда-то должны были существовать «недостающие звенья» и что в царстве животных существует несколько видов и групп видов, которые связывают основные высшие таксоны.