Сильно пострадал Всесоюзный селекционно-генетический институт в Одессе, с октября 1941 г. превращенный в штаб оккупационных войск Румынии. Румыны не имели специальных планов по сохранению института: солдаты использовали книги для топки печей, в результате чего была уничтожена уникальная библиотека в 40 тыс. томов. Опытные поля должны были снабжать армию продуктами. Ситуация изменилась, когда в марте 1943 г. институт перешел к немцам. Граф фон Менгерсен (von Mengersen), сотрудник Института селекции ОКВ, потребовал составить список наиболее ценного из сохранившихся научных ресурсов. Однако эвакуировать институт не успели. Отступая, немцы частично взорвали здание; в частности, сильно пострадала лаборатория генетики.
Шатиловская селекционная станция в Орловской области, также одна из старейших в России, была уничтожена полностью. Некоторую часть оборудования и коллекционных материалов удалось эвакуировать; значительная часть ресурсов осталась на станции. Трагедия произошла после месяца оккупации, при спешном уходе немцев в ноябре 1941 г. Вернувшись на станцию в марте 1942 г., ее директор А.В.Пухальский застал лишь обгоревшие трубы: весь научный городок был сметен с лица земли. Это послужило основанием для дипломатической ноты правительству Германии от 27 апреля 1942 г., подписанной главой МИД В.М.Молотовым. Ущерб, нанесенный станции, оценили в 20 млн руб. – это одна из самых крупных сумм в истории селекционных учреждений.
Места пересылки, хранения и использования похищенных коллекций до сих пор не установлены. Среди возможных – Институт селекции ОКВ в Мюнхеберге, Институт изучения культурных растений ОКВ в Вене, Институт генетики растений под Грацем, относившийся к системе СС. Однако некоторые следы перемещения коллекций все-таки удалось найти. Так, детскосельская коллекция озимых и яровых пшениц в 800 образцов было отправлена в 1942 г. в Тарту, затем в Латвию, где в 1943-1944 гг. пересевалась на опытной станции под Ригой. Эту работу выполняла вировский селекционер Е.И.Николаенко, сопровождавшая коллекции на всем пути. После завершения работ Николаенко удалось бежать, но это не спасло ее от советского ареста. Однако, еще находясь в Тарту, она передала дубликаты образцов семян своему другу врачу К.Н.Бежаницкой, которая бережно их хранила. После войны Бежаницкая неоднократно обращалась в ВИР, пытаясь вернуть коллекцию, но ответа не получила. Вскоре ее арестовали; коллекционный материал погиб во время обыска в квартире.
Война, оккупация и грабежи помогли «замаскировать» те потери, которые понес ВИР и других селекционные учреждения в годы «лысенковщины». Известно, что Т.Д. Лысенко более чем скептически относился к вавиловским коллекциям и их сохранению. Сразу после войны коллекции масличных, табака, чая, лекарственных растений и других культур – всего 30 тыс. образцов – были переданы в отраслевые институты, не имевшие опыта по их хранению и воспроизводству; коллекции погибли через несколько лет. По некоторым данным, суммарное сокращение коллекций ВИРа за 1940-е гг. – 70 тыс. образцов (около 40%). Война, безусловно, была главной, но не единственной причиной потерь. Как «развести» и оценить собственно военные и «лысенковские» потери – вопрос, на который еще предстоит ответить.
Другой вопрос, также требующий изучения, – возможность реституции в области науки, в частности – селекции. Основания для таких размышлений есть. При оценке ущерба произведения искусства очень часто оказывались в одних списках с научными материалами. В частности, такое соседство имело место при оценке ущерба по Ленинградской области, где рядом с похищенными коллекциями подсчитывали потери от разрушения Царскосельского дворца (архитектор Шенброн), подаренного королевой Викторией великому князю Борису Владимировичу. Если возвращение утраченных культурных ценностей продолжается – возможен ли аналогичный процесс в области «произведений науки»?
После войны русские и немцы поменялись ролями. Советское правительство инициировало «демонтаж» немецких научных институтов. Теперь русские ученые оказались в роли экспертов. Но в большинстве случаев победителей интересовали не научные, а технические ресурсы побежденных. Так, из Института селекции ОКВ забрали не коллекции растений и библиотеку, а оборудование для теплиц, рефрижераторы, оптику и т.д. То, в чем страна нуждалась больше, чем в селекционных материалах. Так или иначе, похищенные коллекции никто и никогда не пытался вернуть.