Виды рдеста – прекрасный корм для водоплавающих птиц: клубнями и семенами этих растений питаются, например, утки. К другим ценным кормам для пернатых относятся камыш и канадский рис. Лоси поедают листья кувшинок и прочих водных растений, а бобры – их мясистые корневища. Богатые крахмалом корневища рогоза и клубни стрелолиста служат пищей для ондатры. Хороший грубый корм для крупного рогатого скота дают побеги ситниковых, осоковых и т.п.
Аквариумные виды. Многие водные растения, особенно небольшие, выращивают в аквариумах для украшения и обогащения воды кислородом. В подогреваемой воде хорошо себя чувствуют растения теплых широт, в частности Elodea (Anacharis), некоторые виды Echinodorus из Южной Америки, Cryptocorne из тропической Азии, виды Aponogeton с Мадагаскара, из Африки и тропической Азии и виды Vallisneria из Южной Европы. Из североамериканских водных растений в аквариумах часто разводят кубышку (Nuphar), стрелолист, роголистник, элодею канадскую, кабомбу, болотоцветник ямчатый, уруть, ряску и пузырчатку. Для успешного роста всех этих растений требуется достаточно света – солнечного или искусственного. Однако слишком сильное освещение чревато бурным развитием водорослей, которые замутняют воду.
Декоративные растения для открытых водоемов. Некоторые водные растения прекрасно украшают пруды и декоративные бассейны. Часто для этого используют кувшинки разных цветов и размеров, лотос, уруть, элодею, папирус и водяной гиацинт. Росту их лучше всего способствует плодородная донная почва.
Сорные растения. Рдесты, роголистник, уруть, элодея, ряска, очереднопыльник филоксеровый, кубышки и кувшинки могут стать настоящими сорняками. С укорененными видами борются, срезая их под водой или драгируя дно водоемов тросом.
Некоторые водные растения становятся особенно агрессивными при интродукции в новые страны. Так, элодея канадская (Elodea canadensis), случайно завезенная в Европу более ста лет назад, вскоре после этого стала серьезной помехой для речного судоходства. Свободноплавающий водяной гиацинт (Eichhornia) из Южной Америки создал аналогичную проблему на юге США, а водяной орех из Азии – на востоке страны. Рдест курчавый (Potamogeton crispus) был интродуцирован в Северную Америку из Европы как ценное растение для рыбоводных прудов, но, размножившись здесь во многих водоемах, он иногда вытесняет не менее ценные местные виды. На востоке США и Канады угрожающе быстро расширяется ареал сусака зонтичного (Butomus umbellatus), попавшего туда также из Европы. Водные растения часто засоряют оросительные каналы, причем, если подводные виды замедляют ток воды, то полупогруженные вызывают прямые ее потери вследствие испарения своими воздушными частями – стеблями и листьями.